PhD Innovatieve AI-toepassingen in het laboratorium Medische Microbiologie

De afdeling Medische Microbiologie en Infectiepreventie van het Amsterdam UMC onderzoekt nieuwe manieren om antibioticaresistentie sneller en nauwkeuriger te detecteren. Dit PhD-traject richt zich op het toepassen van AI in de diagnostiek.

Je onderzoekt hoe verschillende databronnen ingezet kunnen worden om resistentiepatronen te voorspellen. Daarnaast onderzoek je hoe AI data uit verschillende sublaboratoria tijdens de workflow kan integreren, bijvoorbeeld door PCR-curves en moleculaire analyses te combineren met bacteriologische kweektechnieken. Op die manier draag je bij aan het versnellen van diagnostische processen en het optimaal benutten van uiteenlopende databronnen. Met deze aanpak kan je een directe bijdrage leveren aan een doelmatig en duurzaam antibioticabeleid.

Je ontwikkelt en implementeert innovatieve AI-tools die de behandeling van infectieziekten verbeteren. Je richt je op het bouwen van voorspellende algoritmen die, bv op basis van massaspectrometrie en moleculaire data, vroegtijdig antibioticaresistentie signaleren. Je vergelijkt klassieke machine learning-methoden met foundation models en onderzoekt welke spectrale kenmerken het meest voorspellend zijn. Daarnaast beoordeel je de klinische toepasbaarheid van de modellen en hun integratie in het laboratoriumproces.

Je werkzaamheden bestaan uit:

• ontwikkelen van modellen die resistentiepatronen voorspellen op basis van diverse databronnen;
• integreren van data uit verschillende sublaboratoria, zoals PCR-curves en kweektechnieken;
• analyseren en vergelijken van machine learning-methoden en foundation models;
• beoordelen van de nauwkeurigheid, robuustheid en toepasbaarheid van de ontwikkelde modellen;
• bijdragen aan een doelmatig en duurzaam antibioticabeleid.

Je werkt als promovendus in een multidisciplinair team en brengt de volgende kwaliteiten en ervaring mee:

• een (bijna) afgeronde opleiding medische informatiekunde of een vergelijkbare relevante wo-opleiding;
• ervaring met programmeren in Python en/of R;
• vaardigheid in het werken met databases en SQL;
• goede communicatieve en sociale vaardigheden, en je werkt graag samen;
• discipline en doorzettingsvermogen.

Bewezen ervaring met het schrijven van wetenschappelijke artikelen is een pre.

• Een vliegende start van jouw carrière in het onderzoekswerk.
• Een uitdagend promotietraject met zowel preklinische als klinische aspecten.
• Samenwerking met gemotiveerde collega’s van diverse disciplines, zowel binnen als buiten het Amsterdam UMC.
• Je treedt in dienst bij Amsterdam UMC Research BV.
• Een contract voor de duur van 12 maanden, met de intentie te verlengen tot een totaal van 4 jaar. Voor deze vacature geldt de Richtlijn Promovendi.
• Inschaling in salarisschaal OIO: in het eerste jaar € 3.108 oplopend tot € 3.939 bruto in het vierde jaar bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van ervaring) en een eindejaarsuitkering van 8,3%. Bereken hier jouw netto salaris.
• Vakantie-uren: 190,4 uur per jaar bij een fulltime dienstverband.
• Pensioenopbouw bij BeFrank, een modern, begrijpelijk en eerlijk geprijsd pensioen.
• Bij 7 km of meer (enkele reis) 100% OV-vergoeding en bij eigen vervoer €0,18 per km tot maximaal 40 km enkele reis.
• Kom je liever lopend of op de fiets? Maak gebruik van onze goede fietsregeling. Je ontvangt een vergoeding van €0,18 per km.

Bekijk deze video met meer informatie over de indiensttreding bij Amsterdam UMC Research BV.

De afdeling medische microbiologie en infectiepreventie van Amsterdam UMC, locatie AMC, is de grootste van Nederland en beschikt over state-of-the-art faciliteiten. Met meer dan 300 medewerkers werk je in een inspirerende en innovatieve omgeving waar samenwerking en kennisdeling centraal staan.

Je komt te werken bij het Microbiologie IT-lab (MIT), het datalab van de afdeling klinische microbiologie. Hier komen alle data uit de verschillende deellaboratoria samen en worden applicaties ontwikkeld die direct bijdragen aan diagnostiek, onderzoek en zorginnovatie. MIT is de centrale plek waar data worden beheerd en beschikbaar gemaakt voor patiëntenzorg.

Parallel aan je promotieonderzoek werk je als data-engineer mee aan het beheer en de ontwikkeling van onze datawarehouses. Je maakt deel uit van een multidisciplinair team van datascientists, bioinformatici en promovendi. De sfeer is open en collegiaal, met een gedeelde passie voor infectieziekten en datagedreven zorg. Je werkt oa samen met de afdeling infectieziekten, andere klinische specialismen en de afdeling medische informatiekunde.