De Waddenacademie is in 2008 opgericht en fungeert als kennisregisseur voor het Waddengebied.
De Waddenacademie is een onafhankelijke stichting, waarvan de basisfinanciering afkomstig is van het Waddenfonds.

De inhoudelijke sturing van de Waddenacademie geschiedt door vijf portefeuillehouders, die elk een dienstverband van 0,2 fte bij de Stichting Waddenacademie hebben en gezamenlijk het bestuur en de directie van de Waddenacademie vormen. Ten behoeve van activiteiten voor speciale projecten kan een aanstelling op tijdelijke basis worden uitgebreid tot een maximum van 0,4 fte.
De portefeuillehouders worden ondersteund door een klein bureau, dat is gevestigd in het Huis voor de Wadden te Leeuwarden. De Waddenacademie wordt inhoudelijk bijgestaan door een  Wetenschappelijke Adviesraad onder voorzitterschap van prof.dr. Suzanne Hulscher.
Verantwoording wordt afgelegd aan het Bestuurlijk Overleg Waddengebied en de Raad van Toezicht van de Waddenacademie, die onder voorzitterschap staat van drs. Ed Nijpels.

Vanwege het aflopen van de termijn van de huidige portefeuillehouder Cultuurhistorie heeft de  Waddenacademie een vacature voor de portefeuille Ruimtelijke Ordening, Cultuurhistorie en Landschap

Voor het succesvol uitoefenen van de functie wordt van de kandidaat verwacht dat hij/zij beschikt
over:

• Een afgeronde promotie;
• Een seniore positie bij een kennisinstelling;
• Een excellente, aantoonbare actuele wetenschappelijke kennis op het gebied van de ruimtelijke ordening, met bijzondere aandacht voor de cultuurhistorische en landschappelijke aspecten van het Waddengebied, blijkend uit onder meer publicaties in boeken en wetenschappelijke tijdschriften;
• Een uitgebreid wetenschappelijk, maatschappelijk en beleid gerelateerd netwerk dat relevant is voor het bereiken van de doelstellingen van de Waddenacademie;
• Bewezen belangstelling voor en ervaring in interdisciplinair werken;
• Begrip van bestuurlijke en maatschappelijke verhoudingen om daarmee als een verbindende schakel tussen de verschillende partijen in het Waddengebied te kunnen fungeren;
• Een stimulerende en enthousiasmerende persoonlijkheid.

Honorering van deze functie vindt plaats op het niveau van maximaal hoogleraar H1, conform de CAO Nederlandse Universiteiten. De benoeming gaat in per 1 januari 2023 en is voor een periode van vier jaar, met de mogelijkheid van eenmalige herbenoeming.