PhD Innovatieve toepassingen v machine learning voor antimicrobial stewardship
PhD Innovatieve toepassingen v machine learning voor antimicrobial stewardship
Functieomschrijving
Het Antimicrobial Stewardship Team (‘het A-team’), geeft vorm aan het antibioticabeleid in het Amsterdam UMC, en onderzoekt strategieën om het onnodig gebruik van antibiotica te beperken. Behandelaars en onderzoekers werken hier in multidisciplinair verband voortdurend samen om resistentievorming en andere ongewenste bijwerkingen te voorkomen.
Voor stewardship programma’s is het essentieel dat er informatie is over bijvoorbeeld gebruik van antibiotica, soorten infecties, bacteriële resistentie, en therapieduur. Het verkrijgen van betrouwbare en bruikbare informatie kan echter tijdrovend en arbeidsintensief zijn. Nieuwe data-gedreven tools, gebruik makend van machine learning en AI-technieken maken echter steeds meer mogelijk.
Het A-team van het Amsterdam UMC heeft de beschikking over een datawarehouse waarin ziekenhuis breed alle gegevens die relevant zijn voor diagnostiek en behandeling van infectieziekten zijn verzameld en geïntegreerd. Hiermee zijn een aantal innovatieve applicaties ontwikkeld die gebruikt kunnen worden voor semi-automatische surveillances. Doorontwikkeling van dit soort tools zullen stewardship-interventies aanzienlijk vereenvoudigen. Op termijn zullen ze zelfs rechtstreeks ingezet kunnen worden in de klinische zorg, om personalised medicine mogelijk te gaan maken.
De focus van dit promotietraject ligt op het ontwikkelen van innovatieve tools die medische informatie uit het EHR beschikbaar maakt voor diagnostische en antimicrobiele stewardship projecten
Beoogde projecten:
Voor stewardship programma’s is het essentieel dat er informatie is over bijvoorbeeld gebruik van antibiotica, soorten infecties, bacteriële resistentie, en therapieduur. Het verkrijgen van betrouwbare en bruikbare informatie kan echter tijdrovend en arbeidsintensief zijn. Nieuwe data-gedreven tools, gebruik makend van machine learning en AI-technieken maken echter steeds meer mogelijk.
Het A-team van het Amsterdam UMC heeft de beschikking over een datawarehouse waarin ziekenhuis breed alle gegevens die relevant zijn voor diagnostiek en behandeling van infectieziekten zijn verzameld en geïntegreerd. Hiermee zijn een aantal innovatieve applicaties ontwikkeld die gebruikt kunnen worden voor semi-automatische surveillances. Doorontwikkeling van dit soort tools zullen stewardship-interventies aanzienlijk vereenvoudigen. Op termijn zullen ze zelfs rechtstreeks ingezet kunnen worden in de klinische zorg, om personalised medicine mogelijk te gaan maken.
De focus van dit promotietraject ligt op het ontwikkelen van innovatieve tools die medische informatie uit het EHR beschikbaar maakt voor diagnostische en antimicrobiele stewardship projecten
Beoogde projecten:
- Onderzoeken wat de beste methode is om diagnoses te extraheren uit het EHR (bv: gebaseerd op huidige diagnose-registratie aangevuld met text-mining-based AI-technieken).
- Ontwikkeling van een applicatie die relevante informatie van kweken, diagnoses en medicatievoorschriften (semi-)automatisch kan koppelen ('bug-drug combinaties').
- Ontwikkelen van predictie-model dat real-time de kans op een bacteriemie kan voorspellen in opgenomen patiënten, gebaseerd op routinematig aanwezige informatie in het EHR.
- Uitbouwen van dit predictie-model naar identificatie van pathogeen-groepen (S.aureus, gram-negatieve staven), gecombineerd met risicogroepen voor cefalosporine-resistentie (oa ESBL).
- Gebruik van clustering en visualisatie-technieken voor het ontwikkelen van applicaties voor het real-time monitoren van het beloop van infecties en kuurduren.
Specificaties
- max. 36 uur per week
- €2901—€3677 per maand
- Amsterdam Bekijk op Google Maps
:fill(white)/logos/aumc-nl-wide.png)
Amsterdam UMC
Functie-eisen
Als promovendus die gaat werken in een multi-disciplinair team breng je de volgende kwaliteiten en vereisten met je mee:
- Je hebt de opleiding medische informatiekunde (bijna) afgerond, of beschikt over een vergelijkbare relevante WO opleiding of achtergrond;
- Je bent ervaren in het programmeren met Python en/of R;
- Comfortabel in het werken met databases, SQL;
- Je beschikt over goede communicatieve en sociale vaardigheden;
- Je kunt gedisciplineerd werken en beschikt over doorzettingsvermogen;
- Bewezen ervaring met het schrijven van wetenschappelijke artikelen is een pré, maar geen must.
Arbeidsvoorwaarden
- Een vliegende start van jouw carrière in het onderzoekswerk.
- Een uitdagend promotietraject van 4 jaar met zowel klinische als preklinische aspecten.
- Samenwerking met gemotiveerde collega’s van diverse disciplines, zowel binnen als buiten het Amsterdam UMC.
- Inschaling in salarisschaal OIO: € 2.901 tot € 3.677 bruto bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring).
- Je start met een jaarcontract (12 maanden) met de intentie tot verlenging met nog eens 3 jaar (36 maanden).
- Naast een goed basissalaris krijg je onder andere 8,3% eindejaarsuitkering en 8% vakantietoeslag. Bereken hier jouw netto salaris.
- Pensioenopbouw bij BeFrank, een modern, begrijpelijk en eerlijk geprijsd pensioen.
- Uitstekende bereikbaarheid met het OV en vergoeding van een groot deel van je reiskosten. Daarnaast hebben we voldoende parkeerplaatsen op locatie AMC én een goede fietsregeling.
Werkgever
Amsterdam UMC
- Je gaat werken bij het A-team; het samenwerkingsverband van de afdelingen Medische Microbiologie en infectiepreventie met de afdelingen Infectieziekten en de Apotheek. In aanvulling op je onderzoekstaken verzorg je enkele taken van dit team, zoals het organiseren en analyseren van het periodieke scoren van antibiotica-voorschriften.
- Naast het A-team neem je ook deel aan het data-team dat het datawarehouse beheert.
In deze teams werken enthousiaste mensen, die in goede sfeer samenwerken, geinteresseerd zijn in infectieziekten, en passie hebben voor data-gedreven patientenzorg. Er zijn collega-datascientists en PhD-students werkzaam binnen deze teams.
Het A-team verzorgt ook een regionaal project in samenwerking met het ABR-zorgnetwerk, en een landelijke registratie (‘de Antimicrobial Stewardship Monitor’), waaraan je zal deelnemen.
Additionele informatie
Gedurende de publicatieperiode worden sollicitaties doorlopend behandeld. Bij invulling van de vacature wordt deze voortijdig gesloten.
Heb je nog vragen? Voor inhoudelijke informatie kun je terecht bij Rogier Schade via r.schade@amsterdamumc.nl.
Voor meer informatie over de sollicitatieprocedure kun je contact opnemen met Tanja Hart, Recruitment adviseur, via 06-21603178 of via recruitment@amsterdamumc.nl.
Een referentiecheck, screening en aannametest kunnen deel uitmaken van de procedure. Lees hier of dat voor jou van toepassing is. Als je bij ons in dienst komt, vragen we je om een VOG (Verklaring Omtrent Gedrag).
Interne kandidaten krijgen bij gelijke geschiktheid voorrang op externe kandidaten.
Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld
Heb je nog vragen? Voor inhoudelijke informatie kun je terecht bij Rogier Schade via r.schade@amsterdamumc.nl.
Voor meer informatie over de sollicitatieprocedure kun je contact opnemen met Tanja Hart, Recruitment adviseur, via 06-21603178 of via recruitment@amsterdamumc.nl.
Een referentiecheck, screening en aannametest kunnen deel uitmaken van de procedure. Lees hier of dat voor jou van toepassing is. Als je bij ons in dienst komt, vragen we je om een VOG (Verklaring Omtrent Gedrag).
Interne kandidaten krijgen bij gelijke geschiktheid voorrang op externe kandidaten.
Acquisitie naar aanleiding van deze vacature wordt niet op prijs gesteld
Specificaties
- PhD
- max. 36 uur per week
- €2901—€3677 per maand
- Gepromoveerd
- 10004
Werkgever
Locatie
Interessant voor jou
Solliciteer op deze vacature
Solliciteer op deze vacature
Dit sollicitatieproces wordt beheerd door de werkgever (Amsterdam UMC). Heb je nog aanvullende vragen over jouw sollicitatie, neem dan contact op met de werkgever.
Bedankt voor je sollicitatie
Voor vragen over jouw sollicitatie kun je contact opnemen met de werkgever.
Tip: sla deze vacature op als favoriet in je AcademicTransfer account. Zo heb je meteen een overzicht en kun je de vacature makkelijk terugvinden. Nog geen account? Maak deze dan nu aan en profiteer van nog meer handige functionaliteiten!
Sollicitatieprocedure
Sollicitatieprocedure
Solliciteer uiterlijk op 11 dec 2023 23:59 (Europe/Amsterdam).