PhD Innovatieve toepassingen van AI voor het laboratorium Medische Microbiologie

De afdeling Medische Microbiologie en Infectiepreventie van Amsterdam UMC speelt een centrale rol in de diagnostiek en behandeling van infectieziekten.

In verschillende diagnostische deellaboratoria worden patiënt-materialen onderzocht op de aanwezigheid van micro-organismen zoals bacteriën, virussen, parasieten en schimmels. In de nabije toekomst zullen innovatieve AI en machine learning toepassingen een belangrijke rol gaan spelen bij deze diagnostische processen. Een voorbeeld hiervan is het automatisch extraheren van voor de microbiologie relevante patiëntinformatie uit het EPD met behulp van AI. Door het gebruik van large language models (LLM) op real-time data worden laboratoriumaanvragen voor infecties verrijkt met klinische context, wat leidt tot efficiëntere diagnostiek en betere patiëntenzorg (diagnostic stewardship). Daarnaast zal deze AI integratie ook ondersteuning kunnen gaan bieden tijdens het behandeltraject, door middel van slimme samenvattingen of zelfs voorspellen van het beloop.

Wil je alvast meer weten over de verschillende fases binnen het PhD traject? Op deze pagina lees je hierover meer informatie.

De focus van dit promotietraject ligt op het ontwikkelen, valideren en implementeren van innovatieve tools die zowel de diagnostiek als de klinische consultvoering gaan versterken. Verder zal je je bezig houden met het:

• Fine-tunen en inzetten van een Large Language Model (LLM) dat automatisch klinische informatie uit het EPD ophaalt;
• Gebruik van het LLM om bij patiënten op de spoedeisende hulp met een respiratoire infectie de aangevraagde virale diagnostiek (semi-)automatisch te beoordelen;
• Inzet van het model ter ondersteuning van de diagnostiek bij ziekenhuisinfecties;
• Evaluatie van het effect van deze implementatie op het diagnostisch proces in het kader van diagnostic stewardship;
• Mogelijkheid tot doorontwikkeling van deze toepassing tot een breder inzetbaar clinical decision support-systeem voor consultvoering.

Wij zijn opzoek naar een promovendus die de volgende kwaliteiten en vereisten bezit:

• Je hebt de opleiding medische informatiekunde (bijna) afgerond, of beschikt over een vergelijkbare relevante WO opleiding of achtergrond;
• Je bent ervaren in het programmeren met Python en/of R;
• Comfortabel in het werken met databases, SQL;
• Je beschikt over goede communicatieve en sociale vaardigheden, en je werkt graag samen in een team;
• Je kunt gedisciplineerd werken en beschikt over doorzettingsvermogen;
• Bewezen ervaring met het schrijven van wetenschappelijke artikelen is een pré, maar geen must.

Op de afdeling Medische Microbiologie en Infectiepreventie werken artsen, laboranten en onderzoekers voortdurend samen om patiënten met infectieziekten zo adequaat mogelijk te kunnen behandelen. De afdeling heeft state-of-the-art faciliteiten en is met meer dan 300 werknemers de grootste afdeling Medische Microbiologie van Nederland.

Je gaat werken in het Microbiologie IT-lab (MIT), het nieuwe datalab van de afdeling Medische Microbiologie en Infectiepreventie. Dit lab fungeert als centrale hub waar alle data uit de verschillende deellaboratoria samenkomen, beheerd en beschikbaar worden gemaakt voor diagnostiek, onderzoek en zorginnovatie. Vanuit MIT worden applicaties ontwikkeld die de laboratoriumdiagnostiek ondersteunen én een directe meerwaarde bieden in de klinische patiëntenzorg.

Naast je promotieonderzoek werk je als data-engineer mee aan het beheer en de verdere ontwikkeling van onze datawarehouses. Je maakt deel uit van een multidisciplinair team van datascientists, bioinformatici en promovendi. De werksfeer is open en collegiaal, met een gedeelde interesse in infectieziekten en een sterke drive voor datagedreven patiëntenzorg.

Het lab is stevig ingebed binnen het ziekenhuis en werkt nauw samen met onder andere de afdeling Infectieziekten, andere klinische specialismen en de afdeling Medische Informatiekunde.