Binnen de afdeling Pathologie wordt naast diagnostiek ook veel wetenschappelijk onderzoek gedaan. De unit Pathology Tissue Research (PTR) vervult een brugfunctie tussen deze twee functies van de afdeling. De PTR is verantwoordelijk voor het beheer en de eventuele uitgifte van lichaamsmateriaal voor wetenschappelijk onderzoek waarbij verschillende registratiesystemen betrokken zijn die op dit moment niet (goed) met elkaar communiceren.

De afdeling Pathologie werkt met LMS (lab management system, van DTHS) voor de volledige registratie van alle weefselmonsters (of stalen) en bijbehorende bewerkingen in de diagnostiek. Anderzijds hebben we binnen Amsterdam UMC een elektronisch patiëntendossier (EPIC), waarin alle klinische gegevens geregistreerd. Om deze gegevens betrouwbaar te kunnen ontsluiten voor het doen van wetenschappelijk onderzoek is het nodig dat deze Pathologie datasystemen op een betrouwbare, efficiënte manier worden aangesloten op andere datasystemen die in het Amsterdam UMC reeds in gebruik zijn voor het faciliteren van wetenschappelijk onderzoek. Dit alles met inachtneming van de Algemene Verordening Gegevensbescherming (AVG). Voor de registratie van de weefselmonsters willen wij waar mogelijk over gaan op opslag van 2D-gecodeerde buisjes. We willen gebruik gaan maken van Open Specimen voor de registratie van onderzoeksaanvragen en bewerkingen, samples, distributie daarvan, verleende informed consent en door de mogelijke integratie met EPIC ook van de (patho-)klinische gegevens. Open Specimen-software kan voor onze onderzoekers binnenshuis, maar alleen onder strikte voorwaarden, beschikbaar gemaakt worden in een web-based catalogus. Tenslotte willen we een deel van onze gegevens binnen het Amsterdam UMC en binnen de AVG richtlijnen beschikbaar kunnen maken in ons Data Research Platform (RDP).

Een goed voorbeeld van wetenschappelijk onderzoek dat gedeeltelijk op de afdeling Pathologie loopt betreft het landelijke platform voor onderzoek naar eierstokkanker, de Archipelago of Ovarian Cancer Research (www.aocr.nl). Hiervoor is de afgelopen jaren in samenwerking met de afdeling Gynaecologie een landelijke biobank opgezet waarin toestemming van patiënten en verschillende biomaterialen worden verzameld door alle ziekenhuizen in Nederland waar operaties voor ovariumcarcinomen worden verricht. De klinische en pathologische karakteristieken die door IKNL en PALGA worden verzameld in het kader van zorg en diagnostiek kunnen bij uitgifte voor (geoorloofd) wetenschappelijk onderzoek worden gekoppeld aan deze biomaterialen.

Ook de AOCR-data worden beschikbaar gemaakt in Open Specimen en het RDP van het Amsterdam UMC. Hierin zijn al belangrijke eerste stappen gezet, maar er is nog veel werk te verzetten om daadwerkelijk een goed lopende landelijke biobank te hebben waaruit weefsel, bloed en/of gegevens op een juiste manier kunnen worden uitgegeven.

In het bijzonder houd je je op het gebied van het opzetten van de IT-infrastructuur bezig met:

• Het aansluiten van de Pathologie-systemen op Open Specimen, middels een sub-licentie bij de centrale Biobank van het Amsterdam UMC
• Invoeren van het 2D-opslagsysteem en aansluiting daarvan op LMS
• Het mogelijk maken van communicatie tussen de verschillende ICT-systemen die binnen het Amsterdam UMC in gebruik zijn op de afdeling Pathologie
• Onderhouden van contact met verscheidene partijen, waaronder DTHS, de centrale Biobank, PALGA, IKNL en DRP.

• Je hebt een achtergrond in data science, bioinformatica, informatica of soortgelijks.
• Je bent creatief in het verzinnen van oplossingen en je hebt een sterk analytisch vermogen.
• Je hebt ervaring met het aan elkaar koppelen van data uit verschillende bronnen.
• Je hebt ervaring met ETL en het schrijven/onderhouden van scripts in Python.
• Je hebt inzicht in toegang en uitgifte van (AVG-gevoelige) informatie
• Je kan zelfstandig werken.
• Je kan communiceren met IT-ers en niet-IT-ers.

• Een contract van 18 maanden, startdatum 1 september 2024
• Wij bieden je uitdagende functie als data manager/researcher in een uniek project met alle kansen op ontwikkeling, verdieping en verbreding!
• Een vliegende start van jouw carrière in het onderzoekswerk.
• Alle ruimte voor jouw drive om de zorg van morgen vorm te geven.
• Inschaling in salarisschaal 9: € 3.655 tot € 5.010 bruto bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van opleiding en ervaring).
• Naast een goed basissalaris krijg je onder andere 8,3% eindejaarsuitkering en 8% vakantietoeslag. Bereken hier jouw netto salaris.
• Gratis en onbeperkt toegang tot onze online leeromgeving GoodHabitz.
• Pensioenopbouw bij het ABP, waarvan wij 70% van de premie betalen.
• Een (gedeeltelijke) vergoeding van je OV-reiskosten. Kom je liever op de fiets? Dan hebben we een goede fietsregeling.
• Een actieve personeelsvereniging én Jong Amsterdam UMC vereniging, die beide leuke (sportieve) activiteiten en evenementen organiseren.

Amsterdam UMC

Je bent als ICT-medewerker werkzaam op de afdeling Pathologie van het Amsterdam UMC, zowel op locatie VUmc als op locatie AMC. Samen met het PTR- team (7 mensen), onderzoekers, pathologen, analisten en ICT-ers werk je aan de professionalisering van de afdeling Pathologie op het gebied van biobankieren en uitgiftes voor wetenschappelijk onderzoek. Voor het AOCR-project werk je daarnaast ook nog met gynaecologen en medewerkers van IKNL, PALGA en LDot.